Im nationalsozialistischen Deutschland war der Dermatologe Mitglied der NSDAP und SA. Deshalb wurde er nach Kriegsende von seinem Posten als Direktor der Universität Jena entlassen, jedoch 1947 mit Zustimmung der Sowjetischen Militäradministration wieder auf seinem alten Posten eingesetzt. 1958 kam es aufgrund der 400-Jahr-Feier der Universität Jena zu einer stärkeren Politisierung, daher flüchtete Josef Hämel aus der DDR.