12 | 27 Zur Saison 2012/2013 wechselt Pizarro ablösefrei erneut zum FC Bayern München. Der Peruaner gilt zwar nur noch als Ergänzungs-Stürmer, ist aber da, wenn er gebraucht wird: Im September 2012 avanciert er gegen Wolfsburg zum Ausländer mit den meisten Bundesliga-Einsätzen, im März 2013 gelingen ihm gegen den HSV (9:2) erstmals vier Treffer in einer Partie.